经过格兰特雅各布斯22/06/2021


来自媒体头条新闻感觉就像听到男孩在剧院中哭泣“火”。有一个新的变体。或者也许他真的是一个十端,呼唤新赛季的节目,一个新的情节扭曲了一个公正的恶棍?镇上的主要特色是现在的变体Delta-B.1.617.2 - 它最接近我们的常规是悉尼的最适销的活动。海外的评论表明新的恶棍确实是狡猾的。

这是一个提醒病毒不断发展,并且可以继续不断发展。避免仍然更糟糕的变体的最佳方式正在关闭爆发。

有数百种变体。大多数的意思是小;有一些是真正值得关注的。跟踪系统识别“关注的变异”(VOCs)。1是其中之一。

拥有国际航空旅行新的变体位于任何国家的家门口。

虽然我们的“开放的门”quarantine-free航班从墨尔本的受影响地区暂时关闭,他们仍然为来自悉尼的人开放。

看着许多兴趣的地方,以及其他澳大利亚国家禁止去过这些地方的人进入,我想悉尼的任何进一步发展都会看到这种变化。德尔塔变体也在另一个太平洋邻国斐济。

没有任何版本的Covid-19“想要”,但Delta Variant特别有关。这对我们意味着什么?

——

  • 更容易传播,包括年轻人
  • 是不是40%的传染性更强比阿尔法夫,这比原来的武汉菌株更高约30%2
  • 似乎造成更具不同和严重的症状,早期症状更容易与寒冷混淆
  • 它对年轻人的影响可能比早期的变体更大

总的来说,几乎各方面都更具挑战性。这并不是说有限的,“狭隘”或狭窄的感染链不能管理,但我们需要更快,更坚定地对这种变种 - 并接种疫苗。

一个更大的坚果壳

Delta更容易移动。它的传染性更强,能够更好地绕过一个国家的COVID-19防御。新西兰国内的自满情绪让我们很脆弱。

我们的二排努力我们懒惰。太少的人扫描QR码(转向蓝牙!)。我们很少在公共交通工具上戴上面具。我们没有跟上卫生措施。我们的建筑物的通风差 - 这是一个非常重要的因素,特别是在冬天,当我们在室内更多。少于325,000人在新西兰已完全接种疫苗。3.澳大利亚的旅游泡沫增加了感染病例的机会,因为更多的入境点进入了更多的人口。在那里是令人担忧的我们的追踪能力有限,

来自奥克兰区域公共卫生服务(ARPH)的文件,由东西获得,表明,当情人节群集在其高峰期时,员工正在努力接触到每天160人的追踪。

三角洲正在全球许多国家的崛起。这是过去几个月大流行的主导特征。(在下一节中更多。)

那些浪涌不是只是关于变种,还反映了每个国家如何管理Covid-19以及人们的行为方式。保持努力很难,但它很重要。更具挑战性的变体测试管理方法比早期变种更强烈。

我们希望能够依靠追踪和追踪来封锁对新西兰的入侵。最终,这取决于我们——你和我——要比现在更有纪律性。

如果追踪和追踪的工作似乎无法完成,我们就会采取措施,并采取限制措施。没人想要那样。

全球案件崛起

Delta变体的基因组首先是测序在印度,4.它是印度巨大爆发的一个特征。这不是“全新”:自2020年底以来一直存在,现在中发现的全球60多个国家。5.Delta可能会像Alpha (B.1.1.7)那样成为世界上许多地方的主导菌株。

三角洲正在取代英国的所有其他变体,并在苏格兰上升。在锁定期间,其他变体的数量随着落下案例数量的整体趋势而下降,Delta对抗谷物。在英国,它现在代表了超过90%的变体测序。

他们期待第三次“浪潮”的感染特别令人担忧关于年轻人。用例是在过去7天内增长33%;死亡23%.英国正在推迟它们的开放计划。

英国解决方案快速接种疫苗。它们具有优异的60岁的保护,具有90%+范围内的疫苗接种覆盖率。他们希望将该记录扩展到年轻人以防止兴奋袭击。

英国疫苗接种概况六月后
(来源:6月17日报告NHS疫苗接种统计数据。)

在其他地方,这一趋势也在上升。在13%的新测序的SARS-COV-2病毒基因组在美国是delta变体。那里有上升的两个变体之一(δ和γ)。6.

尼泊尔和阿富汗在医院病床和氧气供应有限的情况下,病例激增。

在欧洲,病例大幅上升封闭的旅行进出里斯本,由Delta型驱动的激增。在莫斯科,89%的新病例是Delta变体。

流行Delta变体,来源英国《金融时报》
(来源:金融时报,德尔塔病毒开始传播,威胁欧盟的新冠疫情进展)

在接种良好的以色列就有学校爆发两次疫情.在英国的案件中的学校特色也是如此。

早期成功后的警告信号

低水平的疫苗接种疫苗留下一些国家依赖边境措施,轨道和痕量能力,如果有这些失败,则(重)限制措施。

新加坡,日本,越南,还有台湾(等)所有人都具有常见的低水平疫苗接种,最近爆发了Covid-19。

这些国家有优秀的在去年加上Covid-19管理的记录。7.

过拱形图案可以是新变体的传递性留下了控制措施中的弱点空间。

防御德尔塔的墙要比防御阿尔法的更高更密集。

alpha和delta变体的两个墙壁
(来源:Eric Topol,Twitter。)

原则上,“完美”的控制措施可以达到目的。

病毒在我们体外是完全惰性的;它们只在细胞内活跃。病毒在体外的移动是由环境和我们自己决定的。如果我们能完美地管理环境和我们自己,我们就能抵御病毒。

在实践系统中是不完善的。错误发生,大型复杂系统总是有一些爆曲。

我们预计总有一天会有突破的。我们如何应对这些问题,而不仅仅是边境措施有多好。

亚洲的这些爆发是一项警告,即依靠边界措施的国家最终需要疫苗来支持他们,特别是人们变得自满。

不过,有一件事很引人注目。大多数人想要疫苗,但我不认为在疫苗全面推出之前大力推行第二线防线有同样的紧迫性。

这很奇怪,真的,而且不好。你会认为,如果人们担心前者,他们就会热衷于后者。相反,新西兰人似乎喜欢“其他人”,有人会照顾它,无论是疫苗、边境,还是关闭感染链。

更多的传染性

毫无阻碍地,传染性的小幅增加可以大有帮助。

以一个假想的、过于简化的例子为例,传染病通常会传播到,比方说,3个人。假设出现了一种新的变异,通常会传播到33%以上的人。

T.his doesn’t seem much at first, it’s “just” typically infecting 4 people rather than 3. But after two rounds of infection that’s 16 new infections v. 9 new infections from the old variant (4×4 v. 3×3). After three rounds that’s 64 v. 27. Four rounds: 256 cases v. 81 cases.

你看它在哪里,对吗?如果它运行,它会比早期变体速度快得多。

你要尽快关闭它。你在早期阶段有机会,但你不想放弃。

(Actual rates of increase depend on a lot of things, and determining ‘real’ transmission rates are not easy. You have to factor in all the other things that might be affecting transmission. Also, COVID-19 infections are episodic. Most don’t infect many, but a few do.)

英国公共卫生英格兰(PHE)研究报告次要攻击率(SARS),感染者持续的频率感染其他人。三角洲的SAR比alpha变体的约40-60%。

透射性的一个衡量标准是r,典型的人被感染者感染。高于1.0,案件上升。英国是报告R = 1.44.另一个现实世界的衡量标准是翻倍率,即病例(或住院或死亡)翻倍的天数。在英国,目前的病例翻倍率是大约11天

请记住,英国有65秒的含量疫苗。他们的增加主要限于年轻人。伦敦帝国学院的反应研究发现了最高的发病率5-12岁和18-24岁年龄段。

没有增加死亡率

病毒传播的能力增加,但英国没有看到死亡率的增加。在英国,这可能会反映它在爆发的早期,案件和死亡之间的滞后,以及他们老年人的疫苗接种水平很高。

乌干达的死亡急剧上升,Delta Variant正在推动大爆发。(从推特。)

即使在传染病中增加“只有”问题,我又害怕。想象一下,对于争论的争论,1000例中有1个死亡。

现在想象一下,如果死亡率保持不变,但我们将感染人数翻倍。我们有两倍的病例也有两倍的死亡。

这也是一些流行病学家更担心传染率上升而不是死亡率上升的原因本身.第一个是令人作呕的,但第二个最终可能更多的问题。

解决方案是阻止病毒爆发运行。对于小规模疫情,采取控制措施(例如在公共交通工具上和室内佩戴口罩)可有助于缩小关键传播链,而不是向许多人扩散,从而使疫情更容易追踪和追踪。这就是你和我可以帮忙的地方:扫描这些二维码,打开应用中的蓝牙,当我们被要求时戴上口罩。

疫苗也可以提供帮助。

救援疫苗

我们在NZ中使用的Biontech / Pfizer疫苗和牛津/ Astazeneca疫苗,如果服用两剂量,则会对Δ变体引起强烈的免疫力。那种免疫力保护美国免受严重疾病。

PHE报告疫苗保护对Delta变异V严重感染
(数据来自斯托预印;图纸图吉诺·李.更高的酒吧更好。)

接种疫苗产生的免疫力非常强,可以保护我们不患严重的COVID-19,但仍有少数轻微病例发生。

即使是单个剂量也能提供良好的保护严重的感染。使用两种辉瑞疫苗的人很少住院,也很少死亡。

由于。。。导致的结果早些时候的研究发现仅注射第一剂疫苗,对症状较轻的COVID-19病例的保护作用就小得多。

PHE报告疫苗保护vδ变种的症状感染
(图表by.吉诺·李.更高的酒吧更好。)

每一剂疫苗都会降低感染的严重程度,所以在完全接种疫苗的情况下,我们很少看到严重的病例。

另一种观察的方法是疫苗接种将您的风险降低到与更年轻的人​​相同!

稍微少但仍然很棒

我们是轻微地当完全接种疫苗时的较早的变体(93%→88%),但这不是一个问题 - 它仍然是非常良好的保护。

增量的透射性增加意味着你想要得到疫苗,如果大多数人都拍摄,它会使Δ变种传播和引起问题的能力。

有很多我可以对疫苗接种本身来说,但这篇文章是关于Delta Variant!(如果您感兴趣的疫苗接种,请随时暗示您对您可能感兴趣的内容,见关于作者。

社区免疫

疫苗接种可以降低对个人严重感染(和死亡)的风险。仍然留下了较小的感染风险。如果所谓的长covid的风险也归结,尚不清楚。

作为一群人,如果我们全部拉在一起,我们可以推动风险甚至更低。通过防止病毒的传播,我们有效降低了我们的个人风险靠近零。

不是零,但很接近。

我解决了这个早先的文章

在某一段时间,我们必须开设我们的边界,从海外旅行没有隔离。当我们这样做时,有些人会有Covid-19。

我们希望将传播保持在容易追踪、追踪和隔离的病例链上。

即使有很多人接种疫苗,仍然会有几个人通过它,只是(很多)往往。这种传播可能通常具有较小的病毒载量,导致不太严重的感染。

请注意,我们并不期望不会出现人与人之间的传播。我们希望的是这种传播不会传播太远,而且很容易被阻断。

我们需要每个能够接种疫苗的人来获得射击。

少数人有医疗原因,他们无法接种疫苗。他们的安全取决于美国接种,以便任何感染链都不太可能达到它们。

需要补充的重要一点是,疫苗接种为社区提供的保护是一个持续的规模——每一点都有帮助。

至少在理论上,在疫苗接种水平的情况下,至少在理论上爆发会消亡的门槛。在实践中,这是所有让我们在那里的措施,而疫苗接种,而一个重要的措施只是其中之一。

三角洲变体

Delta变型是13个突变的集合,其在一起在一起表征变体。这些突变中的四种是尖峰蛋白质。科学家们经常使用Lineage的Pango名称参考Delta,B.1.617.2。

它是三个相关变异“家族”之一:B.1.617.1、B.1.617.2和B.1.617.3。第一个是卡帕变种,在墨尔本爆发的变种。最后一种仍然相对不常见,我们没有很多关于它的数据。

(在后面的文章中,我们可以进入变体的分子细节,以及它们的差异;看下面的部分,期待.我看到对媒体网点的所有这一切都在困境的情况下很少说明。它好像所有病毒都是黑匣子,其中有希腊字母的名字粘在上面!)

关于作者

我是科学家(计算分子生物学家)和作家。我从偶然事故开始从早期跟踪这条流行。2019年的大部分时间都研究了北美洲动物园。作为我寻找爆发的例子的一部分。2019年12月上半年,中国的“未知事业的肺炎”引起了我的关注,从那时起,我遵循了科学和专家的讨论。亚博贴吧

病毒是最微小的分子生命,对于研究分子如何相互作用并产生生命的人来说,这很吸引人。

如果您想提出问题,欢迎您。你最好试过推特

文章由Grant Jacobs撰写,©2021-。

期待

如果有兴趣,我可以写入更多关于Delta变体的信息,挖掘什么完全使它不同;这个新的delta +变种是什么;Delta如何直接从细胞移动到细胞的分子生物学;等等。或Covid-19的任何其他分子和遗传方面。一个主题我将尝试封面是Covid-19的起源,因为它接近我的兴趣。

已经删除了大量的材料来获取这篇文章。大多数是涉及疫苗接种而不是Delta变体。我可能会回到这个问题。

这是挖掘科学的很多工作。亚博贴吧我喜欢学习细节,但它可能是一个努力做到这么多无偿!(我的小产出并没有反映我努力跟上Covid-19科学的努力。)欢迎对该方面的建议。亚博贴吧

其他文章终身代码

Covid-19疫苗可以防止病毒的蔓延

提高我们对抗COVID-19的能力(从2020年3月起,我花了近一周试图指甲我认为是'基本问题 - 可以把它放在坚果的东西 - 这个部分,运行ICU.。)

冠状病毒爆发:什么是R0?(我的第一篇关于2019-ncov的帖子。)

现在有1000个(链接到我写的很多东西,包括下面的东西。)

海星和马赛克

卷绕细菌DNA

寻找鸭嘴兽毒液

Kumara是转基因的

地图显示了1856年地球上最低的死亡率,1000多次垂死

脚注

1.有关变体的良好技术信息是公共卫生英格兰(PHE)每周关注技术简报的变体世界卫生组织(世卫组织)每周流行病学更新.NZ的Medsafe将卫生部的Covid Science和Insights团队偶尔有关变体的更新亚博贴吧他们的COVID-19科学新闻亚博贴吧页面

我更喜欢达美航空的公共卫生部门报告,因为它们非常深入地研究细节。世卫组织的报告包括一个国际报道部分。

2.估计很少是单一数字;通常是一个范围(从低到高),并使用不同的技术。Delta的传染性比Alpha高30-100%;α比原始SARS-CoV-2菌株的传染性高出约40-100%。

有些人抱怨我们的疫苗接种努力很慢。实际上它尽快作为我们的供应。你不能比你的电源更快!很少有国家能够达到大(有些人会说过过度)的数量;大多数星球比我们更糟糕。一个重要点:相关统计数据是完全接种疫苗的数字,与完整的人口相比,而不是“超过16”。

4.这不是起源或变体的来源,只是它第一个的地方测序.它可能已经出现在另一个国家,也许是一个有很少的基因组测量的国家。我们只是不知道。

5.有测序数据的国家,有些说是80多个。不是所有国家都有好的(或任何)基因组测序。每个国家的病原体基因组测序和更好的检测是未来大流行防备所需要的。

6.其他报告说〜20%。下图更接近谁的数字,几天前有效。

7.如果另一个人说“新西兰是最好的”,我会尖叫。这让我疯狂了一年多。特别是越南领先于美国,同田台湾。和韩国。即使是小沙捞越,我住在哪里。在一个非常真实的感觉中,他们直接到我们开始的东西我们的锁定:他们从Get-go举行。

有特色的图片

假彩色图像,

SARS-COV-2病毒颗粒(UK B.1.1.7变体)的透射电子显微照片,从患者样品中分离并在细胞培养中培养。在病毒颗粒(黄色)外面看到的突出投影(绿色)是尖峰蛋白质。这种蛋白质的边缘使病毒能够附着于宿主细胞,然后复制。在马里兰州德里克堡的Niaid综合研究设施(IRF)拍摄的图像。

来源:维基,CCA 2.0通用许可证。作者:niasid。