通过Siouxsie怀尔斯21/12/2020


让我们从基础开始。

导致Covid-19的SARS-CoV-2病毒的遗传物质是一条由近3万个核苷酸组成的RNA链。这些是氨基酸的密码这些氨基酸反过来又给了我们组成病毒的蛋白质。每当病毒进入一个新的细胞并进行复制时,它的遗传物质就会被复制,核苷酸也会被错误地替换。

托比·莫里斯和我之前解释过,这些错误意味着现在有不同的品种或谱系,在世界各地循环的Covid-19病毒。世界各地的研究人员一直向他们的SARS-COV-2基因组序列上传到Nextstrain的网站。这让他们可以看到病毒是如何变化的。从这些数据来看,我们似乎看到一个月大约发生两次核苷酸变化这意味着病毒的变异相当缓慢。

介绍COG-UK

在我解释更多关于这种新病毒之前,有一点很重要,那就是英国可能有大流行应对工作严重失败它在基因组测序方面做得非常出色。这要归功于Covid-19基因组学英国联盟,或齿轮英国短暂。

COG-UK是国家卫生服务(NHS),公共卫生机构,Wellcome Sanger Institute和一些不同的学术伙伴之间的伙伴关系,支持了2000万英镑在政府和慈善资金。英国正在排序很多病毒基因组。因此,它是歪曲的全球菌株数据库。换句话说,只是因为血统在数据库中弹出作为一个英国的压力,这并不意味着它并不感染其他地方的人,只是因为赛跑的地方可能不是那么多测序。

新菌株是什么?

它叫做b。1。7,有一个新的突变组合,我一会儿再讲这个。英国cog的研究人员刚刚张贴了他们的初步特征据报道,在过去的一个月里,英国对这一谱系进行测序的基因组数量有所增加,这表明它正在传播。

在英国测序的第一个B.1.1.7基因组在9月20日在肯特和9月21日在大伦敦收集。到12月15日,这已经上升到1600多岁。并且序列不再来自肯特和大伦敦,而是来自英国其他地区,包括苏格兰和威尔士。现在荷兰政府说它还在12月初的一个病例中确认了这一新谱系。荷兰已经禁止从英国飞到2021年1月1日。

b。1。7让大家害怕了吗?

你知道我之前的说法是如何看到围绕一个月发生的两个核苷酸的变化与covid-19病毒发生?嗯,B.1.1.7具有COG-UK研究人员描述为“异常大量”的遗传变化。它具有累计的14个突变,导致氨基酸变化。与到目前为止在大流行病的基因组数据相比,Cog-UK科学家们称之为“前所未有的”。再次,请记住,许多其他地方没有尽可能多的基因组测序,因此我们所做的数据并不是具有全球发生的事情的代表。

话虽如此,刺突蛋白中有几个突变。它们是我们以前在其他世系中见过的突变,但不是像这样结合在一起。有一个突变N501Y,它被证明增加了病毒与人类和老鼠ACE2的结合,ACE2是病毒用来进入宿主细胞的受体。还有P681H,它会使S1/S2蛋白裂解位点发生改变,这已被证明会促进病毒进入呼吸道上皮细胞,并促进在Covid-19动物模型中的传播。

新的应变更可传递吗?

它可能是。也可能不是。但英国的首席科学顾问帕特里克·瓦伦斯(亚博贴吧Patrick Vallance)表示确实如此,甚至还给出了一个数字。在一次新闻发布会上,他表示,新菌株的传染性比其他流行菌株高70%。目前还不清楚他是如何得出这个数字的,而且据我所知,科学界目前还没有提供支持这一说法的数据。

更新:70%的数字似乎来自于简报来自新的和新兴呼吸道病毒威胁咨询小组。最近的遥测状态分钟:“基因组数据的生长率:这表明Vui-202012/01的增长率(SiC)为71%(95%Ci:67%-75%)高于其他变体。“)

这70%可能来自观察病毒如何进入细胞并复制的实验室实验。这样的实验很有用,但并不能告诉我们在人类身上到底发生了什么。更重要的是看看病毒在实验室动物中感染和传播的能力如何。我不确定是否有足够的时间来做这样的实验。也可能他们已经注意到在这个谱系的阳性鼻拭子中病毒含量更高。如果人们传播更多的病毒,那么他们可能会感染更多的人。

或者这70%可能只是基于最近几周英国由这一谱系引起的感染数量不断增加的事实。但很难分清因果关系。英国在8月鼓励人们“出去吃饭帮忙“如果他们访问了参与的餐厅,酒吧,咖啡厅,酒吧或食物大厅,请切割人的食物和饮料。然后,在9月下旬和10月初,学生开始在英国围绕新大学年度迈进。谈论在全国各地传播病毒的好方法!这也可能播种了一堆超级展位事件,这有助于这种变体变得更加占主导地位。来自世界各地的更多序列数据可能有所帮助。在其他地方是这种变种,如果是这样,那么它也变得更加统治吗?

到目前为止,这种新病毒似乎没有更致命的迹象,尽管人们可能需要几个月的时间才能死于Covid-19,所以我们还得等着看。它也不应该影响疫苗的工作效果,因为疫苗让我们产生针对刺突蛋白许多不同部分的抗体。然而,一个严重的可能性是,这些突变可能会降低PCR检测的有效性。如果任何突变发生在PCR测试用来识别病毒的RNA片段上,就可能发生这种情况。这对采用检测-追踪-隔离策略控制Covid-10的国家来说将是坏消息。但它很容易修复。测试将只需要调整,以便它可以捡起新的变种。

最新消息:英国新冠病毒检测实验室之一的米尔顿·凯恩斯灯塔实验室(Milton Keynes Lighthouse Lab)的托尼·考克斯(Tony Cox) (@The_Soup_Dragon)发推称,他们使用了三基因PCR检测,三种基因中的一种(S基因)的新变种检测结果不再为阳性。这让他们看到在他们测试的样本中,这种新变体的数量有所增加——用他下面的推文中的橙色显示。看起来从10月到11月底都很稳定然后才真正开始腾飞。我想知道是否圣诞购物的人群也推动了它的传播?

这个新的谱系是有理由担心吗?

如果它轮到这一新的血统可以更容易传播,那么好消息是我们知道如何停止它在人之间传输。有很多国家正在使用不同的控制组合来控制Covid-19。如果有一件好事来自B1.1.17的出现,这可能会给英国踢它需要更多地控制他们的爆发。或者至少给予鲍里斯约翰逊的其他地方责备永远越来越多的案件号码。

几个月前,他们抛弃了原有的五个限制区域三层系统。当我告诉你即使在最高层次时,你可以猜到减少传输的情况如何 - 所以拥有最严格的限制 - 教堂,健身房,商店,学校和大学仍然开放。电影院却被关闭了。掌握。

鲍里斯•约翰逊(Boris Johnson)现在增加了一个新层次,称“当病毒改变其攻击方式时,我们必须改变我们的防御方式”。调整它们可能更接近真相。在他的新第四层,教堂、学校和大学仍然开放,人们仍然可以认识来自家庭之外的另一个人。但前提是他们在室外。我想它比第三层要好,但仍然提供了病毒传播的机会。他没有把整个国家转移到第四层,而是把伦敦和英格兰东部和东南部的部分地区放在那里。这意味着如果这个新家族更具传染性,它就会继续在这个国家的其他地方传播。

令人震惊的是,在疫情爆发近一年后,像英国这样的国家仍然没有尽其所能阻止社区传播。高水平的社区传播可能导致像B.1.1.7这样的血统出现。已有一些免疫系统受抑制的患者慢性感染SARS-CoV-2病毒的报告。如果我们大多数人感染了Covid-19,我们的免疫系统将在一周左右的时间内清除病毒。是的,我们可能会有持续几周甚至几个月的症状,但我们会在症状出现后一周左右停止感染。对于那些慢性感染的人来说,他们最终会在几个月内排出病毒。

这就是COG-UK研究人员如何认为B.1.1.7谱系的发展 - 由慢性感染的人在进行中。虽然慢性感染似乎是非常罕见的,但大流行变得更糟,这更可能是某处的某些人将变得慢性感染。越多,SARS-COV-2的新谱系将出现越多。

这篇文章最初发表在疏散.特色图片:iMattSmartuns